En la fisioterapia respiratoria infantil como en fisioterapia pediátrica  en general se marcan unos objetivos al inicio de tratamiento que se irán revisando en función de la evolución del paciente, haciendo un seguimiento continuado y aconsejando a las familias para poder tener un mejor resultado. 
El fisioterapeuta trabaja con los músculos implicados en el funcionamiento del aparato respiratorio para mejorar la ventilación del paciente. La fisioterapia respiratoria infantil es un complemento que hace más efectivo el tratamiento médico que el paciente debe seguir estrictamente.  
 Cuando se trata de bebés y niños de corta edad, este tipo de tratamiento controla las afecciones respiratorias y elimina las secreciones que se acumulan desde la nariz hasta las zonas más profundas de los pulmones.